Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 1. kalendárny týždeň 2024 - Portál úradov
Monitoring odpadových vôd
Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 1. kalendárny týždeň 2024
V 1. kalendárnom týždni 2024 bolo celkovo vyšetrených 14 vzoriek odpadovej vody, z toho 14 (100 %) vzoriek bolo úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).
Od 25. kalendárneho týždňa 2023 do 1. kalendárneho týždňa 2024 bolo celkovo vyšetrených 283 vzoriek odpadovej vody, z toho 234 (82,69 %) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).
Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.
Podľa aktualizácie ECDC k 5.1.2024 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):
| VUM | Omicron: línia DV.7.1/ línia XBB.1.5+L455F+F456L |
| VOI | Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L/ línia BA.2.86 (Pirola) |
| VOC | - (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty) |
- do línie XBB.1.5+F456L patrí subvariant EG.5 (Eris) a rovnako tak aj subvariant FL.1.5.1 (Fornax), subvariant XBB.1.16.6 a FE.1
Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.
V 1. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval variant BA.2.86 (93,92 %), variant XBB (3,14 %) a variant XBB.1.5 (0,54 %). Variant BA.2.75 a variant XBB.1.5 s mutáciou F456L nebol zistený ani v jednej vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 2,27 %.
V poslednom týždni výrazne dominuje variant BA.2.86, nasleduje variant XBB, variant XBB.1.5. Variant BA.2.75 a variant XBB.1.5 s mutáciou F456L nebol zachytený vo vzorkách z 1. kalendárneho týždňa.
Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:
Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)
Laboratórne spracovanie vzoriek:
- predanalytická časť: laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach, RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
- analytická časť: Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
- sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI
Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne