Aktuality

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 45. kalendárny týždeň 2023

V 45. kalendárnom týždni 2023 bolo celkovo vyšetrených 22 vzoriek odpadovej vody, z toho 19 (86,36 %) vzoriek bolo úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2  a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Od 25. do 45. kalendárneho týždňa 2023 bolo celkovo vyšetrených 197 vzoriek odpadovej vody, z toho 153 (77,66 %) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK). 

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

Podľa aktualizácie ECDC k 20.10.2023 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):

VUM Omicron: línia XBB.1.16/ línia BA.2.86 (Pirola)/ línia DV.7.1/ línia XBB.1.5+L455F+F456L
VOI Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L
VOC - (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty)

- do línie XBB.1.5+F456L patrí subvariant EG.5 (Eris) a rovnako tak aj subvariant FL.1.5.1 (Fornax),  subvariant XBB.1.16.6 a FE.1 

Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.

V 45. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval variant XBB (47,84 %) a variant XBB.1.5 (15,35 %). Nasledoval variant  XBB.1.5 s mutáciou F456L, ktorý bol zistený s podielom 13,41 % a variant BA.2.86 (1,70 %). Tento nález je v súlade s trendami v  iných krajinách EÚ, kde podiel BA.2.86 rástol, XBB.1.5 +F456L sa ustálil a XBB.1.5 vykazoval stabilný klesajúci trend. Variant BA.2.75 nebol zistený ani v jednej vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 21,23 %.

Zastúpenie variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách

Zastúpenie variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách podľa krajov

V poslednom týždni výrazne dominuje variant XBB, nasleduje variant XBB.1.5, variant XBB.1.5 s mutáciou F456L a variant BA.2.86, ktorý bol prvýkrát zachytený v Bratislavskom a Trnavskom kraji. Variant BA.2.75 nebol zachytený vo  vzorkách zo 45. kalendárneho týždňa.

Podiel variantov SARS-CoV-2

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Bratislave

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Trnave

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Trenčíne

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Žiline

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Nitre

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Banskej Bystrici

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Prešove

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v Košiciach

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:
Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)

Laboratórne spracovanie vzoriek: 

  • predanalytická časť:  laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach,  RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť:  Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne