Aktuality

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 39. kalendárny týždeň 2023

V 39. kalendárnom týždni 2023 bolo celkovo vyšetrených 16 vzoriek odpadovej vody, z toho 14 (87,5 %) vzoriek bolo úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2  a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Od 25. do 39. kalendárneho týždňa 2023 bolo celkovo vyšetrených 138 vzoriek odpadovej vody, z toho 102 (73,91 %) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

Podľa aktualizácie ECDC k 6.10.2023 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):

 VUM  Omicron: línia XBB.1.16/ línia BA.2.86 (Pirola)/ línia DV.7.1/ línia XBB.1.5+L455F+F456L
 VOI  Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L
 VOC  - (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty)


Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.

V 39. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval variant XBB.1.5 s mutáciou F456L (55,89 %) a variant XBB (16,92 %). Nasledoval variant  XBB.1.5, ktorý bol zistený s podielom 9,58 % a variant BA.2.75 (9,20 %). Variant BA.2.86 nebol zistený ani v jednej  vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 8,03 %.

graf 1

mapa

V poslednom týždni výrazne dominuje variant XBB.1.5 s mutáciou F456L.  V menšej miere bol zaznamenaný variant XBB, XBB.1.5, BA.2.75. Variant BA.2.86 nebol zachytený vo  vzorkách z 39. kalendárneho týždňa.

graf 2

graf 3

graf 4

graf 5

graf 6

graf 7

graf 8

graf 9

graf 10

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:

Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)

Laboratórne spracovanie vzoriek:

  • predanalytická časť:  laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach,  RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť:  Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne