Aktuality

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 37. kalendárny týždeň 2023

V 37. kalendárneho týždňa 2023 bolo celkovo vyšetrených 16 vzoriek odpadovej vody z toho 11 (68,75 %) vzoriek bolo odoslaných na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov  SARS-CoV-2  do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK). 

Od 25. do 37. kalendárneho týždňa 2023 bolo celkovo vyšetrených 122 vzoriek odpadovej vody z toho 88 (72,13 %) vzoriek bolo odoslaných na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov  SARS-CoV-2  do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK). 

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

Podľa aktualizácie ECDC k 21.9.2023 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):

 VUM  Omicron: línia CH1.1 / línia XBB.1.16 / línia BA.2.86 (Pirola)
 VOI  Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L
 VOC  - (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty)

- do línie XBB.1.5+F456L patrí subvariant EG.5 (Eris) a rovnako tak aj subvariant FL.1.5.1 (Fornax)

Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.

V 37. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval   XBB.1.5 (47,29 %) a XBB (28,10 %). Nasledoval variant  XBB.1.5 s mutáciou F456L, ktorý bol zistený s podielom 11,59%. Variant BA.2.75 a variant  BA.2.86 nebol zistený ani v jednej  vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 12,59%.

odpadové vody na SR v 37. KT

odpadové vody na SR v 37. KT - jednotlivé kraje

V poslednom týždni výrazne dominuje variant XBB.1.5 a XBB.  V menšej miere bol zaznamenaný variant XBB.1.5 s mutáciou F456L. Variant BA.2.75 a BA.2.86 nebol zachytený v posledných vzorkách.

podiel variantov podľa kal. týžňov

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Bratislavskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Trnavskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Trenčianskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Žilinskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 35. k.t. 2023 v Nitrianskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Banskobystrickom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Prešovskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách za 25. k.t. - 37. k.t. 2023 v Košickom kraji

 

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:

Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)

Laboratórne spracovanie vzoriek: 

  • predanalytická časť:  laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach,  RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť:  Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy:  Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne