Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 5. kalendárny týždeň 2024 - Portál úradov
Aktuality
Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 5. kalendárny týždeň 2024
V 5. kalendárnom týždni 2024 bolo celkovo vyšetrených 20 vzoriek odpadovej vody, z toho 17 (85%) vzoriek bolo úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).
Od 25. kalendárneho týždňa 2023 do 5. kalendárneho týždňa 2024 bolo celkovo vyšetrených 327 vzoriek odpadovej vody, z toho 275 (84,10%) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).
Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.
Podľa aktualizácie ECDC k 2.2.2024 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):
| VUM | Omicron: línia XBB.1.5+L455F+F456L / línia BA.2.87.1 |
| VOI | Omicron: línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L / línia BA.2.86 (Pirola) |
| VOC | - (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty) |
- línia XBB.1.5+F456L zahŕňa subvariant EG.5(Eris, vrátane HV.1), subvariant FL.1.5.1 (Fornax), subvariant XBB.1.16.6 a aj FE.1
- línia BA2.86 zahŕňa subvariant JN.1
Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.
V 5. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval variant BA.2.86 (98,33%), variant XBB (0,91%) a variant XBB.1.5 (0,01%). Variant XBB.1.5 s mutáciou F456L a variant BA.2.75 nebol zistený ani v jednej vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 0,63 %.
V poslednom týždni výrazne dominuje variant BA.2.86, nasleduje variant XBB, variant XBB.1.5. Variant XBB.1.5 s mutáciou F456L a variant BA.2.75 nebol zachytený vo vzorkách z 5. kalendárneho týždňa.
Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:
Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)
Laboratórne spracovanie vzoriek:
- predanalytická časť: laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach, RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
- analytická časť: Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
- sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI
Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne