Odbor  imunizácie zabezpečuje najmä 

• koordináciu plnenia Národného imunizačného programu v SR,

• kontrolu plnenia úloh v oblasti imunizácie a prípravu návrhov stratégie očkovania, očkovacích schém a aplikačných postupov pri použití  očkovacích látok v súlade s odporúčaniami SZO a v súlade s realizáciou očkovania v krajinách EÚ

• vypracovávanie návrhov koncepčných materiálov, podkladov a stanovísk pre rozhodovaciu činnosť Úradu verejného zdravotníctva SR, Ministerstva zdravotníctva SR a ústredných orgánov štátnej správy v SR,

• prípravu návrhov odborno-metodických usmernení, podkladov a stanovísk v oblasti verejného zdravotníctva na úseku imunizácie,

• analýzu faktorov ovplyvňujúcich vznik, priebeh a šírenie ochorení preventabilných očkovaním a ich následky, vypracovávanie návrhov preventívnych a represívnych opatrení a sledovanie efektívnosti ich zavedenia,

• spoluprácu epidemiológov, pediatrov, imunológov, mikrobiológov a ďalších odborníkov pri plnení úloh Národného imunizačného programu SR, 

• vyhodnotenie úrovne zaočkovanosti v SR, dodržiavanie indikácií a kontraindikácií očkovania, dodržiavanie stratégie očkovania, správnych postupov a manipulácie s očkovacími látkami, dodržiavanie chladového reťazca,

• sledovanie a analýzu výskytu postvakcinačných reakcií a komplikácií,

• overenie efektívnosti očkovania cielenými imunologickými prehľadmi,

• realizáciu očkovacích kampaní a v súlade s odporúčaniami ECDC usmerňuje a vyhodnocuje informačné a edukačné aktivity regionálnych úradov verejného zdravotníctva.

Spoločne s ostatnými odbormi sekcie epidemiológie a pripravenosti na pandémie

• zabezpečuje pravidelné sledovanie akútnych respiračných ochorení, chrípky a chrípke podobných ochorení a COVID-19 a týždenné vyhodnocovanie výskytu mimoriadnych epidemiologických situácií v SR,

• v spolupráci s regionálnymi úradmi verejného zdravotníctva v SR plní úlohy v súvislosti so zabezpečením činnosti európskeho Systému rýchleho varovania a reakcie (EWRS),

• vedie potrebnú dokumentáciu a vytvára databázu informácií,

• vypracováva a zasiela pravidelné hlásenia a prehľady pre zainteresované inštitúcie,

• organizačne zabezpečuje plnenie úloh, ktoré vyplývajú z odporúčaní Európskej komisie a SZO.