ÚVZ SR spustil sekvenovanie už aj vo svojich laboratóriách |
![]() |
![]() |
Tlačové správy |
Štvrtok, 25. marec 2021 15:34 |
„V laboratóriách ÚVZ SR sa sústreďovali všetky pozitívne vzorky určené na sekvenáciu z rôznych častí Slovenska, ktoré sa potom distribuovali do laboratórií, ktoré už sekvenáciu vykonávali, teda do Biomedicínskeho centra SAV a Vedeckého parku Univerzity Komenského v Bratislave. ÚVZ SR následne dáta sumarizoval, pretože je potrebné ich zasielať nielen do národného, ale aj európskeho surveillance systému. ÚVZ SR je totiž hlavným koordinačným orgánom Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu chorôb (ECDC) za Slovenskú republiku v oblasti monitorovania a kontroly infekčných ochorení na našom území,“ uviedol hlavný hygienik SR Ján Mikas.
Sekvenovanie je čítanie genetickej informácie uloženej v nukleovej kyseline – či už DNA, alebo v prípade koronavírusu RNA – písmenko po písmenku. Sekvenovaním sa teda „pozeráme“ na celý genóm vírusu a sledujeme na ňom výskyt všetkých známych aj neznámych mutácií. „Informácie o mutáciách a ich výskyte sú predovšetkým dôležité z epidemiologického hľadiska. Sekvenačné dáta však majú aj vedecký význam. Sledujeme evolúciu vírusu, dokážeme posúdiť vplyv mutácií na účinnosť vakcín či správnosť diagnostických súprav pre RT-PCR diagnostiku,“ vysvetlil hlavný hygienik SR.
„Sekvenátor nám teda umožňuje čítanie celého genómu koronavírusu – molekuly, ktorá má približne 30-tisíc nukleotidov. Pomocou tohto prístroja dokážeme preskúmať celú genetickú informáciu a sledovať, ako sa vírus mení v priebehu času. Vďaka informáciám o genóme a o tom, odkiaľ izoláty pochádzajú, vieme zistiť aj to, ako vírusy cestujú a ktoré sú najúspešnejšie v boji o hostiteľa,“ priblížila laboratórna diagnostička a molekulárna biologička na ÚVZ SR Anna Gičová.
„Sekvenovaním sa „pozeráme“ na celý genóm vírusu, takže sledujeme výskyt všetkých mutácií, aj známych aj neznámych. Už teraz nám výsledky poukazujú na kolobeh nových mutácií, ktorých význam však ešte nevieme posúdiť. Tieto dáta sa ukladajú, takže sa na ne budeme môcť pozrieť, aj keď bude potrebné prípadné ich spätné dohľadávanie,“ uviedla A. Gičová.
Nie každá vzorka je vhodná na sekvenovanie, musí obsahovať dostatočné množstvo vírusu. Vzorka odobraná v počiatočnom alebo konečnom štádiu ochorenia nemusí stačiť, vhodnejšia je vzorka odobratá v čase, keď je ochorenie rozvinuté a dá sa z nej izolovať dostatok vírusovej RNA. Sekvenácia vzoriek s menším množstvom vírusu je náročnejšia a nemusí byť úspešná.
Napríklad na ľudí, ktorí ochoreli na COVID-19 po druhej dávke vakcíny, došlo u nich k opakovanej infekcii po prekonaní COVID-19, prípadne sú chorí veľmi dlho a majú narušený imunitný systém. V ich prípade sledujeme, ako sa vírus v ich tele mení v priebehu infekcie.
„Čerstvo odobraná biologická vzorka putuje do inaktivačného média, ktoré zničí samotné vírusové častice, ale zároveň ochráni jeho genetickú informáciu. Vzorka prestáva byť infekčná. Inaktivačné médium tak robí prácu so vzorkami bezpečnejšou a zároveň podstatne uľahčí ich transport. RNA je totiž veľmi citlivá a musí sa skladovať pri teplote pod -70 °C. Inaktivačné médium však dokáže genetickú informáciu ochrániť a umožní prepravu vzoriek do laboratória aj pri izbovej teplote,“ vysvetlila doktorka A. Gičová.
„V tomto spolupracujeme s tímom doktora Tomáša Szemesa, ktorý vedie Centrum genomiky a bioinformatiky vo Vedeckom parku Univerzity Komenského v Bratislave,“ hovorí doktorka Gičová.
|