Odbor surveillance infekčných ochorení zabezpečuje najmä: 

1. koordináciu komplexnej celoslovenskej surveillance infekčných ochorení,

2. plánovanie, organizačné zabezpečenie a kontrolu plnenia úloh v súlade s odporúčaniami SZO a v súlade s realizovanou surveillance v krajinách Európskej únie,

3. prípravu návrhov odborno-metodických usmernení a kontroly činnosti odborov/oddelení epidemiológie regionálnych úradov verejného zdravotníctva v SR a výkon štátnej správy v oblasti zdravotníctva na úseku epidemiológie infekčných ochorení,

4. koordináciu surveillance osobitne chrípky a chrípke podobných ochorení, poliomyelitídy, meningokokových invazívnych infekcií, salmonelóz, osýpok a HIV/AIDS v SR a analýzu a vyhodnotenie jej výsledkov,

5. komplexnosť a včasnosť hlásenia a laboratórneho vyšetrovania ochorení a podozrení z ochorenia,

6. prípravu a koordináciu plnenia Národného programu prevencie HIV/AIDS v SR,  surveillance HIV/AIDS na území SR, ako aj spoluprácu odborníkov v rezorte zdravotníctva a v ostatných rezortoch pri riešení problematiky prevencie HIV/AIDS cestou Národnej komisie prevencie HIV/AIDS v SR.