Organizačný útvar | Vedúci zamestnanec (predstavený) |
| Hlavný hygienik SR a vedúci služobného úradu | doc. MUDr. Ivan ROVNÝ, PhD., MPH |
| Odbor legislatívy a práva | JUDr. Roman Soska |
| Odbor kontroly, dozoru a sťažností | JUDr. Soňa Lubinová |
| Odbor organizačno - dokumentačný | Mgr. Zuzana Karnasová |
| Odbor medzinárodných vzťahov | Ing. Šárka Kovácsová |
| Osobný úrad | Mgr. Iveta Nováková |
| Mgr. Andrea Fedičová |
| Útvar krízového riadenia | |
| Zástupca hlavného hygienika SR a vedúceho služobného úradu pre ekonomické činnosti | Ing. Daniela DOBÁKOVÁ |
| Odbor rozpočtu a financovania | Ing. Renáta Pinková |
| Odbor ekonomiky a prevádzky úradu | Juraj Lovásik |
| MUDr. Iveta TRUSKOVÁ, PhD. |
| Odbor hygieny životného prostredia | Ing. Katarína Halzlová, MPH |
| Odbor hygieny výživy, bezpečnosti potravín a kozmetických výrobkov |
|
| Odbor hygieny detí a mládeže | MUDr. Jana Nováková, PhD. |
| Odbor podpory zdravia | Mgr. Kristína Kaszabová - poverená vedením odboru |
| Odbor preventívneho pracovného lekárstva | MUDr. Ľudmila Ondrejková, MPH |
| Odbor objektivizácie faktorov životných podmienok | RNDr. Mária Horecká, CSc. |
| Odbor ochrany zdravia pred žiarením | RNDr. Vladimír Jurina |
| Odbor epidemiológie | RNDr. MUDr. Ján Mikas |
| Odbor lekárskej mikrobiológie | Ing. Zuzana Sirotná - poverená vedením odboru |
